以寺庙命名。
村内有座古庙,名马庙,较为有名而得名。
清属豢龙保;1921年属东区豢龙城街;1934年属第五区豢龙城联保;1941年属巨陵乡第五保;1949年属王岗区;1958年属巨陵公社;1961年属巨陵店区;1965年属巨陵公社,为马庙大队;1984年属巨陵乡,改为马庙村委会。1998年5月属巨陵镇。