以姓氏和地理实体特点命名。
相传,明代裴姓迁此,因村东古庙旁有一土墩(古烽火台),故名。
清属南阳保;1921年属西区垮吴村;1934年属第一区裴墩联保;1941年属杜曲镇第十二保;1949年属台陈区;1958年属王曲公社;1962年属台陈区;1965年属台陈公社裴墩大队;1984年属台陈乡裴墩村民委员会;1997年属台陈镇裴墩村民委员会。