因村民委员会驻申店村而得名。
明代,申姓始祖从山西洪洞县迁此建村,始名申庄。后因在舞阳至郾城、漯河大道边开设饭店和起有集市,故名申店集。1947年集废,简称今名。
明、清属吴城保;1931年属第二区协义乡;1943年属吴城镇;1949年属塘澧乡;1958年属吴城人民公社,为申店大队;1984年属吴城乡,为申店村民委员会;1988年吴城乡撤乡建镇改为吴城镇,仍属之。