因村民委员会驻南高村而得名。
明代,高氏始祖从山西洪洞县迁此建村,曾名高庄。
明、清属西田丹保;1931年属第二区南高乡;1943年属吴城镇;1949年属第二区;1958年属吴城人民公社,为南高大队;1984年属吴城乡,为南高村民委员会;1988年吴城乡撤乡建镇改为吴城镇,仍属之。