因村委会驻后吴村而得名。
明代,吴姓始祖吴教华从山西洪洞县迁吴堂建村。清代,吴氏后裔从吴堂析出一支迁此建村,因地处吴堂之北,曾名后吴庄。后简称今名。
明、清属东伍保;1931年属第一区杨炉乡;1943年属狄青乡;1949年属第二区;1958年属辛安人民公社,为后吴大队;1984年春改为辛安乡后吴村民委员会;2000年辛安乡撤乡建镇改为辛安镇,仍属之。