因村委会驻薛店村而得名。
明代,薛氏始祖从山西洪洞县迁此建村。因有北舞渡、姜店通往吴城、西平的南北大道经此,且在道旁开设有食宿店铺,故名。
明、清属东坊廓保;1931年属第二区石桥乡;1943年属塘澧乡;1949年属第二区;1958年属辛安人民公社,为薛店大队;1984年春改为辛安乡薛店村民委员会;2000年辛安乡撤乡建镇改为辛安镇,仍属之。