因村委会驻马庄村而得名。
明代,马氏祖先从山西洪洞县迁此建村,曾名马家庄。后简称今名。
明、清属西莲花保;1931年属第七区邢徐乡;1943年属三民乡;1949年属第九区;1958年属侯集人民公社,为马庄大队;1984年属侯集乡,为马庄村民委员会;2011年侯集乡撤乡建镇改为侯集镇,仍属之。